A történet kulcsfigurája Olivia Dunham (Anna Torv), aki mellett az elmúlt éveit elmegyógyintézetben töltö tudós, Walter Bishop (John Noble), valamint annak fia, Peter Bishop (Joshua Jackson) vesz részt a rejtélyes ügyek felderítésében. Eközben a háttérben egy nagyobb, világméretü összeesküvés képe rajzolódik ki, egy olyan kísérletsorozat, melyröl kormányügynökségek és magánvállalatok is tudnak, s a szálak a legmagasabb körökig vezetnek.