1963 márciusában bezárták a San Franciscó-i öbölben fekvö börtönsziget fegyházát, és a rabokat más börtönökbe szállították. Vagy mégsem így történt? Csaknem 40 évvel késöbb titokzatos módon hirtelen megjelennek az itt raboskodott elítéltek, és úgy tünik, nem fogot rajtuk az idö. Rebecca Madsen (Sarah Jones), a fiatal és elszánt nyomozónö Diego Soto (Jorge Garcia) Alcatraz-kutató tudós segítségével a rejtély nyomába ered. Hamarosan kiderül, hogy Emerson Hauser (Sam Neill) sokat tapasztalt FBI-ügy